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バイオマーカー・トピックス（No26.2008年9月8日）
バイオマーカーの探索・発見・適応への関心が内外で急速に高まってきています。トランスクリプトミクス、プロテオミクス、メタボロミクス等のポストゲノミクス研究の急速な進歩と実用化、テーラーメイド医療の進展、癌などの各種疾病の早期発見・診断への関心の高まりなどを背景に、それに寄与できるバイオマーカーが注目されてきているからです。
「バイオマーカー・トピックス」は内外で発信される数多くのニュースや雑誌記事、論文などから適宜選んで、その要約やポイントを日本語で紹介するものです。
皆様の研究活動やビジネスに少しでも役立てばと願っています。
なお、翻訳はサイリックが担当しており、専門用語などは的確でない場合もあることをご容赦ください。また長文の場合はサイリックの判断で一部のみを紹介しています。正確なことは直接原典で確認してください。（多田 丞）
＜皆様からも情報提供をお願いします。次のメールアドレスにお願いします。＞
＜目 次＞
・
・アストラゼネカ、静岡がんセンター、抗がん剤開発で協力。. 4
・製薬企業などにおいて使用される腎臓のあらゆるバイオマーカーをカバーする動物モデルが開発された。 5
・大学の特許出願 量から質へ―限られた予算、問われる「目利き能力」. 5
・肺がん検診、半数受診―朝日新聞調査、有効性に高い評価.. 6
・米NCIがトムソン・ロイターのバイオマーカー・データベースを使用する、と発表.. 6
・癌ゲノム地図（The Cancer Genome Atlas ：TCGA)、脳腫瘍に関する包括的な研究結果の最初の報告書をネーチャー・オンライン版に発表.. 7
・京大・白川昌宏教授ら、がん治療、ｉＰＳ作製効率化に道.. 7
・iPS細胞研究、働き、簡単に評価、松下系が装置。(2008/9/8) 8
・バイオマーカーサイエンス――疾病予防、マーカー活用.. 8
●ＡＰＡＦ（Ａｕｓｔｌａｌｉａｎ Ｐｒｏｔｅｏｍｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｆａｃｉｌｉｔｙ） Biomarker Discovery 10
●World Top Protein Researchers gather in Amsterdam. 10
●2008 Report on the Plasma Proteome Project to the HUPO Initiatives 11
●ＨＵＰＯ Plasma Proteome Project 13
（2008年6月）
新薬開発におけるバイオマーカー活用の現状
山口行治（実行データサイエンス㈱）
（日本薬理学雑誌 第131巻6号 2008年6月号 P435-440）
＜要約＞
新薬の臨床開発では最新の診断技術が活用されず，依然として問診などの医師や患者の主観的な判断に依存している部分が多い．このような臨床評価に技術革新をもたらすものとしてバイオマーカーが期待されている．欧米の製薬企業や審査当局の取組みを紹介，バイオマーカーを実用化するための課題についてまとめた．バイオマーカーは探索的臨床試験から検証的臨床試験に移行する段階での開発の意思決定に役立っている．臨床試験で用いられるバイオマーカーを動物実験の段階で評価することは候補化合物の選択と技術評価の両側面から有用であり，動物用のイメージング装置が製薬企業に導入されている．安全性のバイオマーカーについては，産官学のコンソーシアムを中心に推進されている．こういった欧米でのバイオマーカーの実用化にはベンチャー企業が果たす役割が大きい．未解決の問題として，膨大な開発費が必要となる慢性疾患の検証的臨床試験でバイオマーカーが活用されていないことが挙げられる．慢性疾患のバイオマーカーの開発では，一般に個体間変動と個体内変動が複雑に交絡して技術的なバリデーションが困難であることに加えて，審査当局の意向に依存する部分が多いため，費用対効果が正確に算出できない．薬理研究も含め，幅広い分野の技術や知識を結集することで，こういった実務的問題に新しい解決策がもたらされることを期待したい．
1. はじめに
ゲノム科学やロボット技術の発展により新薬の候補化合物が数多く作られ，高齢者における慢性的な疾患の新たな治療薬への期待が高まっている一方で，巨額の開発費用を必要とする臨床試験，特に探索的臨床試験から検証的臨床試験に移行する段階（フェーズ2a段階）での成功率が低いことが問題となっている．筆者は2002年から2006年まで米国製薬企業の研究グループの一員として，臨床開発の技術革新を目的とした
バイオマーカーの推進を業務としてきた．その間にFDA（米国食品医薬品局）は白書“Innovation or Stagnation”（1）と“Critical Path Opportunities List”（2）を発表している．FDAの白書では，新薬開発の成功率が低いのは「21世紀の新薬を20世紀の評価技術で開発している」ことが問題であると端的に指摘されている．はじめにバイオマーカーという言葉の定義について説明する．英語のバイオマーカーは，日本語のバイオマーカーという言葉から連想される「マーカー物質」よりもはるかに広い意味で用いられていることに注意してもらいたい．PET（Positron Emission Tomography）やMRI（Magnetic Resonance Imaging）などの先進的な画像診断技術を臨床開発に活用することも，バイオマーカー開発の重要な課題となる（3）．こういった臨床開発の観点からバイオマーカーに関する本格的な総説もまとめられている（4）．本稿では，筆者の限られた経験から特に薬理研究との関連を意識して，バイオマーカーを開発する際の問題点を整理する．
<注> （ ）は以下の参考文献の番号を示す。
1） http://www.fda.gov/oc/initiatives/criticalpath/whitepaper.pdf
2） http://www.fda.gov/oc/initiatives/criticalpath/reports/opp_list.pdf
3） 山口行治．ファルマシア．2007;43:9-13.
4） Wagner JA. Annu Rev Pharmacol Toxicol.2008;48:1-21.
（以下省略）
（2008年8月18日）
子宮筋腫と肉腫の判別、遺伝子発現の有無で、信州大、診断マーカー開発。
日経産業新聞 2008年8月18日）
信州大学の林琢磨・准教授らの研究チームは、子宮筋腫と子宮肉腫を見分けるためのバイオマーカー（目印）を開発した。免疫に関する一つの遺伝子の発現の有無で判断できるという。今年度内をメドに国内患者で大規模な臨床研究を実施し、精度を高める。試薬大手のシグマアルドリッチ・イスラエルとの共同開発を始めており、二年後をメドに日米などで製造・販売を始める計画だ。
年度内メド、臨床研究
バイオマーカーとして注目したのは、免疫に関する遺伝子「ＬＭＰ２」。林准教授らはマサチューセッツ工科大学（ＭＩＴ）の利根川進教授らとＬＭＰ２が欠損した雌のマウスの約四割に生後一年以内に子宮肉腫ができることを発見。そこでヒトの子宮平滑筋にできた腫瘍（しゅよう）の組織で発現を検証した。
この遺伝子が作るたんぱく質を抗原と認識する抗体を作り、実際のヒトの細胞で調べた。抗体と反応すれば、遺伝子が発現しており、良性の筋腫と診断する。
筋腫と肉腫の違いの判断は顕微鏡では細胞分裂の違いで見比べるが、診断は難しいという。
抗体をマーカーとして日本人女性四十症例の組織をみたところ、筋腫と肉腫の違いを九〇％の確率で診断できたという。組織をさらに詳しくみたところ、肉腫の組織だけでＬＭＰ２の発現が極端に低下していた。
子宮筋腫は通常、良性で二十歳以上の女性の約四〇％がかかる病気といわれる。うち一割に悪性の肉腫がみられる。肉腫は既存の化学療法や放射線療法では治療が難しく、五年以内生存率も五〇％以下と深刻で、早期発見が重要になる。
林准教授らは国立がんセンターや京都大学、東北大学などと共同で近く大規模な臨床研究を開始。診断の精度を高めた抗原を精製し、シグマアルドリッチ社でヒトの子宮組織に対して働く抗体を作り製品化する
（2008年8月20日）
アストラゼネカ、静岡がんセンター、抗がん剤開発で協力。
（日経産業新聞 2008年8月20日）
英系製薬会社のアストラゼネカ（大阪市）と静岡県立静岡がんセンター（静岡県長泉町）は、日本人やアジア人に適した抗がん剤の研究開発などについて協力することで合意、包括契約した。
アストラゼネカが持つがん領域の新薬候補物質で第一相臨床試験（治験）を始める際に、複数の化合物の中からどれを選ぶかなどの判断について静岡がんセンターの助言を受ける予定。治験着手の前から医療機関と連携することで、開発期間の短縮を目指す。製薬会社と医療機関の共同作業は治験段階から始まる場合が多く、新薬開発に向けて治験入りする前から協力することは珍しい。
がんの早期発見につながる「バイオマーカー」の共同研究なども進める方針。今回の協力は非独占的な包括契約。静岡がんセンターが今後、他の製薬会社と同様の取り組みを進める可能性もあるという。
＜静岡がんセンター 山口建 総長のコメント＞
我が国の抗がん剤開発には、いわゆる“ドラッグラグ”、”人種差“などの課題が山積しており、国民が効果の高い抗がん剤の恩恵を速やかに享受できるかが問われてきました。この問題の克服のために、静岡県では、富士山麓ファルマバレープロジェクトにおいて、創薬から臨床試験までを一貫して行うプラットホームを築いて来ました。今回、静岡がんセンターとアストラゼネカとの間で、抗がん剤の基礎研究*・臨床試験**に関わる包括的な契約が締結されたことは、日本における抗がん剤の研究開発並びにファルマバレープロジェクトにとって大変有意義であると考えています。これを機に、静岡がんセンターでは、抗がん剤開発に関する基礎研究及び臨床試験の体制をさらに充実させ、がん患者の皆様が有効な薬剤を適切に利用できるよう、我が国の抗がん剤開発における様々な課題に挑戦していこうと考えています。
＜アストラゼネカ社 加藤益弘 社長のコメント＞
この度、基礎研究*、臨床試験**に関する包括契約をがん治療における最先端施設である静岡がんセンターと締結できたことを大変喜ばしく思います。この契約により、特に日本やアジアにおける特殊ながん腫を対象とした抗がん剤の臨床試験を海外とほぼ同時に開始することができます。この静岡がんセンターとのコラボレーションを通じて、革新的な医薬品を世界に遅れることなく日本の臨床現場、患者さんにお届けできる日が遠からず訪れると確信しております。
*非臨床研究委託基本契約書を指す。静岡がんセンターとAstraZeneca UK Limited間で締結。
**臨床試験基本契約書を指す。静岡がんセンターとアストラゼネカ株式会社間で締結。
（2008年8月20日）
製薬企業などにおいて使用される腎臓のあらゆるバイオマーカーをカバーする動物モデルが開発された。
（BiomarkerNewsのニュースより）
BioPorto Diagnostics社（デンマーク）は抗マウスNGALL抗体ペアを発表した。
同社は、新しいモノクローナル抗体ELISAペアの提供を開始した。
この抗体は、ヒトや猿、ラットなどのNGAL抗体を捕捉することのできるマウスのNGALを検知できるELISAキットである。これによって、腎臓障害のバイオマーカーとしてのNGALを動物モデルですべてカバーできる初めてのバイオマーカーであり、製薬企業などで毒性学研究などに使用するものである。
同社の担当者は「我々は、マウスNGALのためのサンドイッチELISA抗体ペアの追加がNGALの腎臓の毒性学研究で有用性の高いバイオマーカーとしての地位を獲得できるものと確信している」と述べている。
ハツカネズミは、研究用で頻繁に使用されている動物であり、特に近年においては多くの研究者や製薬企業がスペシフィックな抗マウスNGALモノクローナル抗体を求められている。
NGALの検出は腎臓損傷が発生すると直ちに検知されるが、しかし発症後期では現在行われている試験では十分に検知できず、その障害程度についても十分には測定できない、とされている。
マウスNGAL抗体は、新薬の腎毒性の副作用を検知するために、あるいは腎臓障害、腎臓損傷および腎臓病での新しい治療方法の開発でも使用できるものである。
同社は、近い将来、ブタや犬などの他の実験動物のNGALについても特性の高いモノクローナル抗体を開発する計画である。
＜参考情報＞
NGAL：Neutrophilgelatinase-associated lipocalin；ヒト好中球ゼラチナーゼ結合性リポカリン。（医学辞書より）
NGAL は、リポカリンファミリーに属する 22kDa のタンパク質で，主に活性化した好中球より分泌されます。腸腺腫や炎症腸上皮，乳腺癌，尿路上皮癌組織での発現亢進が見られるほか，腎臓に障害を受けると尿中の NGAL 濃度が顕著に上昇することから，近年，腎不全など各種腎疾患の初期マーカーとして注目を集めています。（フナコシ社のHPより）
（2008年8月28日）
大学の特許出願 量から質へ―限られた予算、問われる「目利き能力」
（朝日新聞 2008年8月28日付け）
収入、米国の150分の1
大学の特許出願が、数を競う段階から「質」を問う段階へと移ってきた。特許は出願してから収入につながるまで10年程度かかる。特許大国・米国との差を少しでも詰めようと、実用化につながる特許取得を目指す取り組みが進む。（以下省略）
＜データ＞
（2008年8月28日）
肺がん検診、半数受診―朝日新聞調査、有効性に高い評価
（朝日新聞 2008年8月28日付）
健康に関する意識を探る朝日新聞社の全国世論調査（有効回答者2,300人、77％）で、がんに対する意識や検診受診率についてのデータがまとまった。がん検診の有効性にほとんどの人が期待し、肺がん検診ではほぼ2人に一人が1年以内に受診していることがわかった。
（中略）
調査では、がん検診が早期発見に役立つかどうかの質問に、44％が「大いに役立つ」、51％が「ある程度役立つ」と回答した。（後略）
（2008年9月4日）
米NCIがトムソン・ロイターのバイオマーカー・データベースを使用する、と発表
（GenomeWeb Daily News）
トムソン・ロイターは、米国のNCI（国立癌研究所）が潜在的な癌治療に関する研究を支援するために、同社のバイオマーカーセンターのデータベースを使用することになったと発表した。
また、NCIの発展的な治療プログラムおよびそれに関連するバイオマーカー・プログラムは同社のBiomarkerCenterを使用するだろうともいっている。同センターのバイオマーカーデータベースは、関心のあるバイオマーカーの状態の変化について知るのに使用される。
（以下省略）
詳細は下記サイトにアクセスしてください。
http://www.genomeweb.com/issues/news/149200-1.html
(2008年9月4日)
癌ゲノム地図（The Cancer Genome Atlas ：TCGA)、脳腫瘍に関する包括的な研究結果の最初の報告書をネーチャー・オンライン版に発表
―この大規模解析は、新しい遺伝子突然変異やコア・パスウエイ等を同定する―
癌ゲノム地図(TCGA)のための研究ネットワークは米NCI（National Cancer Institute：国立癌研究所)及びNIH傘下の米NHGRI（National Human Genome Research Institute：国立ヒトゲノム研究所）によって設立された共同研究組織であるが、本日(2008年9月4日）、脳腫瘍の最も一般的なものである膠芽腫(glioblastoma：GBM、グリオブラストーマ)について、その大規模で包括的な研究結果に関するの最初の報告を発表した（online edition of the journal Nature）。
公表された論文の中でTCGAチームは、新しい遺伝子突然変異やGBMの診断・治療のための潜在的な意義を有すると思われるDNA変異について述べている。（以下省略）
詳細は、下記のサイトにアクセスしてください。
http://cancergenome.nih.gov/media/news_9_4_2008.asp
（2008年9月4日）
京大・白川昌宏教授ら、がん治療、ｉＰＳ作製効率化に道
細胞内で使う必要がない遺伝子を「封印」するメカニズムの一部を、京都大工学研究科の白川昌宏教授（分子生物学）らのグループが、エックス線解析で解明した。この封印が解けることでがん細胞や新型万能細胞（ｉＰＳ細胞）ができる。新しいがん治療法やｉＰＳ細胞作製の効率化につながる成果で、４日の科学誌ネイチャー電子版で発表する。
人体には、神経や肝臓、筋肉といった約２００種類の細胞があるが、すべての細胞は１セット約３万種類の遺伝子を持っている。働く遺伝子の違いで、細胞の種類が変わり、その際、働かない遺伝子には「メチル基」という物質がくっつき封印される。
細胞が分裂・増殖する際には、一度解かれた封印のメチル基が同じ位置に正確につかないとがんの原因になる。また、皮膚などの細胞でメチル基の大半が外れると、受精卵に近い状態になり、ｉＰＳ細胞になると考えられている。
白川教授らは、マウスの細胞が分裂する際、「ＵＨＲＦ１」というたんぱく質が、ＤＮＡと結合している様子を、エックス線解析で立体画像化した。その結果、このたんぱく質が腕状の部位でＤＮＡを抱え込み、封印していた場所を検知。再度封印することがわかった。
(2008年9月5日)
遺伝子の“鍵”を解明 京大 がん治療への応用も
細胞分裂時に不要な遺伝子が働いて異常が起きないよう、ＤＮＡに化学変化を与えて“鍵”をかけておく仕組みを、京都大の白川昌宏教授らのチームが解明し、英科学誌ネイチャー電子版に４日発表した。
こうした仕組みは「メチル化」と呼ばれ、巧みな生命現象として注目されている。遺伝子が正しくメチル化されていないと、分裂細胞ががん化したり、多様な組織に成長する幹細胞に似た状態に戻ったりすることがある。
白川教授は「この鍵を自由に開閉できるようになれば、がん治療や人工多能性幹細胞（ｉＰＳ細胞）づくりなど、広い範囲に応用できそうだ」と話している。
チームは、細胞分裂時のＤＮＡ複製にかかわるタンパク質「ＵＨＲＦ１」に着目。メチル化されたＤＮＡ領域をこのタンパク質が検知し、複製したＤＮＡの同じ領域に化学変化を与えて、遺伝子が働かないようにしているのを突き止めた。
(2008年9月8日)
iPS細胞研究、働き、簡単に評価、松下系が装置。(2008/9/8)
松下電器産業子会社のアルファメッドサイエンス（大阪府門真市）は体のあらゆる細胞になる可能性を持つ新型万能細胞（ｉＰＳ細胞）の研究に有効な新手法を開発した。ｉＰＳ細胞の働きを読み取り、病気の治療につながる心臓や神経の細胞を作る方法を見つける。再生医療や新薬開発に役立つ。同社は一年以内に研究装置として商品化する考え。これまでｉＰＳ細胞の研究開発は大学が中心だったが、今後は民間企業の参入も増えそうだ。
新手法はｉＰＳ細胞の働きを電気的に調べる。名古屋大学の協力を得て開発した。ｉＰＳ細胞から作った心臓や神経の細胞が出す電気信号をとらえ、病気の治療に使える細胞かどうかを見分ける。同社は脳細胞の動きを調べる研究装置をすでに商品化、この技術をｉＰＳ細胞に応用した。(以下省略)
(2008年9月8日)
バイオマーカーサイエンス――疾病予防、マーカー活用
（バイオこれで攻める 日経産業新聞 2008年9月8日付け）
京都府立医科大学発ベンチャーのバイオマーカーサイエンス（ＢＭＳ、大阪市、内田景博社長）は、血液をはじめ生体試料から病気などにより体内で起こる変化を反映するたんぱく質（バイオマーカー）の探索や測定方法の研究と実用化を進めている。病気にかかる危険性を診断して予防につなげたり、薬の効きを予測して的確な治療に役立てたりすることが期待できるという。
「病気の治療から予測・予防へ」（内田社長）。ＢＭＳが目指すのは病気にかかる前の「未病」段階で異常を見つけ、対応することだ。
ＢＭＳは2002年、京都府立医大の吉川敏一教授が大阪商工会議所などの支援を受けて設立した。機能性食品の効能を評価する新たな指標の研究から始め、たんぱく質の解析技術を駆使した疾病予防のバイオマーカー探索、測定方法などの研究も進めてきた。
バイオマーカーの実用化では、疾病予防に関するマーカーを６００種類発見。Ｃ型肝炎インターフェロン治療の効果や、糖尿病患者の一部が発症する糖尿病性腎症のリスクを予測するマーカーも見つけた。食品の機能性評価や医療に利用できる新たなマーカーの開発も進めてきた。
２００５年には「アンチエイジング（抗加齢）ドック」を始めた。体の老化度合いを検査し、生活習慣病などの予防や健康状態の改善に役立てる試みだ。
検査内容は血液や尿の検体検査や機器を使った体力測定など数十項目にわたる。日本抗加齢医学会の認定を受けた、専門知識があり的確な指導ができる医師がいる医療機関で実施。検査結果から体内年齢や皮膚年齢、メタボリック（内臓脂肪）症候群の危険度、酸化ストレス度、運動能力の五項目でレーダーチャートを作成。専門医が食事や生活習慣の改善などを指導する。
2007年には臨床検査受託のファルコバイオシステムズと提携して東京、大阪、名古屋など主要都市の50の医療機関でも開始した。保険適用外で、全項目の検査を受けると十万円かかるが、健康意識の高い富裕層らの間で反響を呼んでいる。
2008年からは利用者が健康診断の延長のような感覚で受診できる「酸化ストレスドック」にも本格着手した。血液や尿の検査で体内の酸化度や抗酸化物質の量などを測定し、評価する。利用者の身体的、経済的負担が少ないことや、医療機関としても特別な機器が必要ないことから需要拡大が見込めるという。
ＢＭＳは将来の海外展開も視野に入れる。公的な健康保険制度のない米国では予防医療に対する関心が高く、「独占販売権の供与を検討している」（内田社長）。
課題は、ＢＭＳが発見した具体的な疾病と関係するとみられるバイオマーカーの実用化。人間を対象とした臨床データの蓄積で有効性を実証することが必要になる。
個人の体質や健康状態にあわせた適切な食事摂取や運動などを勧め、罹患（りかん）リスクが高い病気を防ぐ――。内田社長が目指す「テーラーメードの予防医療」が実現する日も近いかもしれない。（松本知明）
（2008年9月8日）
狂牛病のためのバイオマーカーを発見
（Genome Technology Online）
カナダとドイツの研究者グループは牛の海綿状脳炎に関係する牛尿中の蛋白質を発見・同定したと発表した。
一つの蛋白質からの蛋白質発現データの分析ができ、100％の正確さで決定できると、研究者らは報告している。
1セットの蛋白質は、牛がいつ感染したかを85パーセントの精度で決定できる。
研究者らは、生きている牛についてBSEテストが可能になると期待している。
●ＡＰＡＦ（Ａｕｓｔｌａｌｉａｎ Ｐｒｏｔｅｏｍｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｆａｃｉｌｉｔｙ） Biomarker Discovery |
|
A biomarker is a biological parameter (gene,
metabolite or protein) that is indicative of a physiological or pathological
state. For example, cholesterol is a biomarker used to identify risk of heart
disease. |
●World Top Protein Researchers gather in Amsterdam |
|
The international top researchers in
proteomics will gather and present their work at the 7th Annual World
Congress of Human Proteome Organization (HUPO) from 16-20 August 2008 at the
RAI, Amsterdam.
Proteomics entails the global analysis of protein levels in cells and
organisms, with the aim to unravel biochemical pathways and to identify
biomarkers for diseases. The chairs of the meeting are Albert Heck (Netherlands Proteomics Centre and Utrecht University),
Anne-Claude Gavin (EMBL, Germany)
and Ruedi Aebersold (ETH and University of Zurich,
Switzerland and Institute
for Systems Biology, USA). Next to a splendid
scientific program, there will be an exhibition displaying the latest
technologies. There are 2000 attendees expected from academia and industry. ・“Proteome Biology” ・HUPO 2008 World Congress |
●2008 Report on the Plasma Proteome Project to the HUPO Initiatives
Committee and HUPO Council (co-chairs, Ruedi Aebersold, Gil
Omenn, Young-Ki Paik, 15 July 2008)
Major activities:
1. At the Seoul, Korea, HUPO 6th World Congress of Proteomics, Ruedi Aebersold, Gil
Omenn, and Young-Ki Paik were reappointed co-chairs of the HUPO Plasma Proteome
Project. The PPP held a very well-attended Workshop on 6 October, 2007, outlining the
plans for advanced technology platforms, large-scale datasets, and collaboration with
proteome studies of other initiatives and laboratories globally.
Outline of the Next Phase for the PPP
Quantitation and subproteomes (PTMs) with new methods and advanced
instruments
HUPO Plasma Proteome Databases, with robust bioinformatics analyses and
distributed file sharing system (Tranche)
Convergence of HUPO organ-based and disease-related proteome studies to a
common pathway in the plasma proteome
Invitation to participate in the PPP Next Phase:
Criteria for labs: substantial scope of funded work, advanced state of technology
platforms, commitment to contribute datasets in timely fashion for collaborative
analyses, and interest in active participation in PPP workshops and other forums
and in generating significant publications.
Indicate your willingness to organize cross-initiative collaborative analyses if you
are in the leadership of a HUPO initiative.
Attend HUPO PPP Workshops in Seoul, Amsterdam
Contact Gil Omenn: gomenn@umich.edu.
Program for the PPP Workshop in Seoul, Oct 2007
20:00-20:45 Panel: Advances in Technology Platforms and Analytical Strategies for
Quantitation, Identification of PTMs, Throughput
Aebersold, Mallick, Hunter, Jensen, Hochstrasser, Smith, Zeng
20:45-21:30 Panel: Informatics and Databases for the Plasma Proteome
Martens, Deutsch, Beavis, Kapp, Nesvizhskii, Pandey
21:30-22:00 Panel on Plasma as Final Common Pathway for Biomarkers Emerging
from Organ and Disease Proteome Initiatives
John Bergeron, moderator; He, Ping, Schnitzer, Yamamoto
2. Omenn spoke on “International Collaboration in Proteomics and Informatics” at The
Bibliotheca Alexandria, Alexandria, Egypt, 7 November, 2007.
3. The PPP was represented by Eric Deutsch at the 2008 January Barbados conference
hosted by John Bergeron. Omenn participated in the development of the HUPO
Proteome Project proposal.
4. The ProteomExchange scheme was created to link EBI/PRIDE, as a repository for
well-annotated original datasets and analyses; Tranche/Proteome Commons.org for
global file distribution; and ISB/PeptideAtlas, where all the plasma proteome datasets
will be re-analyzed with the TransProteomicPipeline from primary data and combined
into a resource for general use. See ProteomExchange document attached.
5. The PPP had a prominent place on the program of the U.S. HUPO Annual Meeting in
Bethesda 18 March 2008, including Deutsch’s unveiling ProteomExchange.
6. The PPP has organized a Workshop for the HUPO 7th World Congress in Amsterdam,
Sunday 9:30AM to Noon, 17 August, 2008. The ProteomExchange will be presented to
the international HUPO community, and the pioneer contributors to this new phase of the
PPP will present their findings and their experience with ProteomExchange.
7. Publications during 2007-2008 from the HUPO PPP
Omenn GS, Aebersold R, Paik YK. HUPO Plasma Proteome Project 2007 Workshop
Report. Mol Cell Proteomics 2007; 12:2252-2253. PMID: 18070836.
Omenn GS. The HUPO Human Plasma Proteome Project. Proteomics-Clin Appl. 2007;
1(8):769-779.
Omenn GS, Ping P. The Future: Translation from Discovery to the Clinic – Roles of
HUPO and Industry in Biomarker Discovery. In Van Eyk J, Dunn M (eds.) Clinical
Proteomics, Weinheim: Wiley-VCH, 2008:595-613
Mathivanan S, …Deutsch E, …Omenn GS,…Paik YK, ... Pandy A. Human Proteinpedia
enables sharing of human protein data. Nat Biotechnol. 2008; 26(2):164-167. (160
authors listed alphabetically, except for first and last authors) PMID: 18259167.
Zhang Q, Menon R, Deutsch EW, Pitteri SJ, Faca VM, Wang H, Newcomb LF, Depinho
RA, Bardeesy N, Dinulescu D, Hung KE, Kucherlapati R, Jacks T, Politi K,
Aebersold R, Omenn GS, States DJ, Hanash SM. A mouse plasma peptide atlas as a
resource for disease proteomics. Genome Biol 2008; 9:R93. PMID: 18522751.
Jeong SK, Kwon M-S, Lee E-Y, Lee H-J, Cho SY, Kim H, Yoo JS, Gilbert S. Omenn
GS, Aebersold R, Hanash S, Paik Y-K. BiomarkerDigger: a versatile disease
proteome database and analysis platform for the identification of plasma cancer
biomarkers. Submitted to Proteomics.
Yan W, Apweiler R, Balgley BM, Boontheung P, Cargile BJ, Cole S, Fang C,
Gonzalez-Begne M, Griffin TJ, Hagen F, Hu S, Lee S, Malamud DO, Melvin
JE, Menon R, Mueller M, Qiao R, Rhodus NL, Sevinsky JR, States D,
Stephenson JL, Jr., Than S, Yates JR III, Yu W, Xie H, Xie Y-M, Omenn GS,
Loo JA, Wong DT. Systematic comparison of the human saliva and plasma
proteomes. Submitted to Proteomics.
Attach/Insert: ProteomE
●ＨＵＰＯ Plasma Proteome Project
Overview of Project
During 2003-2005, the PPP prepared and distributed reference specimens of human serum and plasma to 55 participating laboratories worldwide, stimulated access to emerging technologies, and generated substantial datasets and integrated databases for proteins detectable and identifiable in human serum and plasma. Experimental protocols used combinations of depletion, fractionation, mass spectrometry, and immunoassay methods linked via search engines and annotation groups to gene and protein databases. We created a new human plasma proteome database and have developed recommendations for use in future studies with plasma and serum.
Collaborating laboratories and working groups of the PPP Pilot Phase addressed (a) specimen stability and protein concentrations; (b)protein identifications from 18 MS/MS datasets, including subproteome analyses; (c) independent analyses from raw MS/MS spectra; (d) search engine performance; (e) biological annotations and insights; (f) antibody arrays; and (g) direct MS/SELDI analyses. MS/MS datasets had 15710 different International Protein Index (IPI) protein IDs; the PPP integration algorithm applied to multiple matches of peptides sequences yielded 9504 IPI proteins identified with one or more peptides and 3020 proteins identified based on two or more peptides (the Core Dataset). These proteins have been characterized with Gene Ontology, InterPro, Novartis Atlas, Online Mendelian Inheritance in Man, and immunoassay-based concentration determinations. The database permits examination of many other subsets, such as 1274 proteins identified with three or more peptides. Reverse protein to DNA matching identified proteins for 118 previously unidentified ORFs.
The findings from the collaborative project and from lab-specific ancillary projects are published in a special issue of Proteomics, "Exploring the Human Plasma Proteome", August 2005, which was presented to all registrants at the HUPO 4th World Congress on Proteomics in Munich.
The long term goals of this project are:
Comprehensive analysis of plasma and serum protein constituents in people
Identification of biological sources of variation within individuals over time, with validation of biomarkers
Physiological: age, sex/menstrual cycle, exercise
Pathological: selected diseases/special cohorts
Pharmacological: common medications
Determination of the extent of variation across populations and within populations
Next phases of the PPP are under discussion. They may include (a) consensus-building and new studies to generate standardized operating procedures; (b) continuing development and analysis of datasets arising from HUPO initiatives and other published studies; (c) facilitation and possibly organization of major disease-related studies of candidate biomarkers for earlier diagnosis, better stratification of newly diagnosed patients, pathways-based monitoring of targeted therapies, and design of preventive interventions. The overriding challenge is simultaneous enhancement of sensitivity, resolution, and throughput.
Collaborations with other Initiatives
This project is committed to interact with HLPP and HBPP in order to assure analyses of serum and/or plasma side-by-side with analyses of tissue specimens, as forerunner to establishing accessible biomarker assays for tissue proteins of interest in various disease states.
Bioinformatics and data analysis and storage issues are done in collaboration with Hermjakob and Apweiler from the Proteomics Standards Initiative.
An interaction with the Human Antibody Initiative (HAI) is underway so that any antibodies generated can be added to the HAI database.
Key Documents Related to Activities
ProteomExchange data submission strategy final
HUPO Plasma Proteome Project Workshop Agenda - October 7, 2007, Seoul
September 2007 Report on HUPO Plasma Proteome Project to the initiatives
Overview of the HUPO Plasma Proteome Project: Results
from the pilot phase published in Proteomics Aug 2005 special issue - Cover
page
Full list of the 28 publications in Proteomics August 2005
U.S. HUPO Meeting plenary presentation March 2005
HUPO PPP pilot Phase: Montreal Workshop Oct 2003
HUPO PPP Workshop in Bethesda, July 16-17 2003
Data Capture and Data Analysis
David States errors and uncertainty in Proteomics
Pilot studies with reference specimens
HUPO/NCI Early Detection Research Network Plasma Proteome Project Workshop
Website Link
www.bioinformatics.med.umich.edu/hupo/ppp
www.ebi.ac.uk/pride
The 53rd edition of the Journées Internationales de Biologie (JIB) Congress and Exhibition will take place on November 5-7, 2008, with scientific conferences held from November 4, 2008 in Paris-La Défense, France.
• Europe will be at honour on the JIB in 2008,
when France
is in charge of the turning presidency of the European Union. It will be a
great opportunity for European biologists to meet, dialogue and share their
experiences in the JIB, in the scientific congress and on the exhibition floor
offering a European dedicated space.
The special European session of the Congress is programmed on November 5, 2008.
• BioMI, Biology Molecular Initiatives, is a new step onward for
innovation in the JIB.
For the first year, the BioMI session will entirely be dedicated to molecular
biology presenting its most recent developments and current practises with
foremost scientific experts and original participation of molecular diagnostics
industry leaders.
A privileged area in the exhibition will enable biologists and molecular
diagnostics industrial experts to meet and discuss of the state-of-the art
molecular techniques expected to transform in a near future the practise of
diagnostics, new personalized biology and medicine.
• The Scientific Congress will be pulsed by biomedical scientific and
professional latest news. Many issues, from core research biology developments
to public health priorities, will be treated during the scientific sessions and
the Exhibition will gather the most innovative industrials which will expose
their most recent in vitro diagnostic techniques.
• The programme and the registrations are available on the JIB’s website.
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MipTec about to take off by joining forces between Life Sciences Week, ALL-SystemsX.ch-Day, & Jobvector.com |
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This year, MipTec (October 14-16, 2008) emphasizes the basic science and technology of drug discovery and is being headlined by three leaders in the field: Richard Eglen (PerkinElmer), Mark Fishman (Novartis Pharma AG) & Lee Babiss (F. Hoffmann-La Roche Ltd.). The conference, attendance for which is free with on-line registration, contains sessions covering the basic science of drug discovery, including: Drug Discovery Technologies Biological Space: Targets and Tools Chemical Space: Maximizing Compound Value Early Safety Evaluation Pharmacodynamics / Biomarkers Structural and Computational Drug
Discovery The BioValley Life Sciences Week will run
parallel to the MipTec Conference and will include the All-SystemsX.ch-Day.
There will also be additional user group meetings from Spotfire, Promega, Hamamatsu, Beckman
Coulter and Invitrogen. |
●HUPO 2008
