遺伝子横断的大規模研究用のマイクロアレイ・プラットフォーム、高い成果を示す

遺伝子発現解析マイクロアレイは、バイオメディカル研究に大きな影響を与えている。さらに、現在、この技術は基礎的研究出の実験ツールとしてだけではなく、臨床現場での応用に大きな期待が集まってきている。そのためには、遺伝子データプラットフォームの横断的な比較や統合が可能になることが重要である。

現在、利用できるプラットフォームや分析手法は多様化してきており、これらの魅力あるプラットフォームから得られるデータを利用して、比較ができるようになってきている。

それぞれの研究所では、同じ遺伝子のプロファイルを記述するのに異なるプラットフォームを使っているかもしれない。しかし、それらはどれくらい比較が可能であろうか。

ハーバード大学歯学部のポスドクであるウィンストン・パトリック・クオ（Winston Patrick Kuo）博士や彼の研究仲間らは、プラットフォーム横断的（cross-platform）及びラボ横断的な商用のマイクロアレイ及び自家製の遺伝子発現マイクロアレイを活用して比較研究を行っている。それにの結果について、彼らは「Nature Biotechnology」オンライン版2006年7月2日号に報告しており、プラットフォーム横断的ああるいは異なるラボでの比較に関するフレームワークを作ったとしている。

この研究は、マイクロアレイ実験（プローブ・アノテーションから分析まで）のための標準的プロトコルを創出するための他の種々の努力、例えば

・Minimum Information About a Microarray Experiment

 (http://mged.org/Workgroups/MIAME/miame .html)、

・External RNA Controls Consortium

 (http://www.cstl.nist.gov/biotech/Cell&TissueMeasurements/GeneExpression/ ERCC.htm)

・Microarray Quality Control Project

 (http://www.fda.gov/nctr/science/centers/toxicoinformatics/maqc/)

等に続くものである。

現在、利用できるプラットフォームや分析手法は多様化してきており、これらの魅力あるプラットフォームから得られるデータを利用して、比較ができるようになってきている。

それぞれの研究所は、同じ遺伝子のプロファイルを記述するのに異なるプラットフォームを使っているかもしれない。それらはどれくらい比較可能であろうか。

ハーバード大学歯学部のポスドクであるウィンストン・パトリック・クオ（Winston Patrick Kuo）博士らの研究グループは、プラットフォーム横断的（cross-platform）及びラボ横断的な商用のマイクロアレイ及び自家製の遺伝子発現マイクロアレイを活用して比較研究を行っている。

その結果について、彼らは「Nature Biotechnology　オンライン版2006年7月2日号」に報告をのせており、プラットフォーム横断的ああるいは異なるラボでの比較に関するフレームワークを作成したとしている。

この研究は、マイクロアレイ実験（プローブ・アノテーションから分析まで）のための標準的プロトコルを創出するための他の種々の努力、例えば

・Minimum Information About a Microarray Experiment

 (http://mged.org/Workgroups/MIAME/miame .html)、

・External RNA Controls Consortium

 (http://www.cstl.nist.gov/biotech/Cell&TissueMeasurements/GeneExpression/ ERCC.htm)

・Microarray Quality Control Project

 (http://www.fda.gov/nctr/science/centers/toxicoinformatics/maqc/)

等に続くものである。

マイクロアレイ・データの除去や検索のための主要なポータルサイト―例えば、Gene Expression Omnibus and ArrayExpress―は、もし実験が十分に信頼にたるものであり、また異なるプラットフォーム間を横断的に抽出することができるのであれば、これらは有用であるだろう。

多くのプラットフォームが存在し、かつそれに対応する多すぎるほどのマイクロアレイデータが与えられるなかで、問題はそれらのプラットフォーム間での測定値が異なっているかどうかである。そして、もし異なったデータが得られるのでのであれば、それらの異なるプラットフォームから得られるデータを比較したり結びつけたりすることを可能とする方法である。

これまで、難燃かにわたって、いくつかの小規模な試みが行われてきたが、報告された結果は矛盾しています。

クオらによる研究での遺伝子発現解析は、10種類のマイクロアレイ・プラットフォーム(アフィメトリクス、アプライド・バイオシステム、アジレント・テクノロジー、コンピュジェンn、GEヘルスケア、マージェン、MWGバイオテック 、オペロン及び大学等のｃDNAや長ヌクレオチド・アレイ）と2種類のQRT-PCR手法（アプライド・バイオシステムズのTagMan Assay、ロシュ・ダイアグノスティクのUniversal Probe Library)から得られたものである。

(以下、省略）